Son chien avait un cancer incurable. Un ingénieur sans formation médicale a utilisé ChatGPT et AlphaFold pour le réduire de moitié

Paul Conyngham n'est pas biologiste. Il n'est pas non plus vétérinaire. Il est un ingénieur de Sydney avec près de deux décennies d'expérience dans le domaine de la science des données et de l'IA. En 2024, sa chienne Rosie a reçu un terrible diagnostic : elle souffrait d'un cancer des mastocytes, le cancer de la peau le plus répandu chez les chiens et pratiquement incurable avec les méthodes conventionnelles. Après avoir tout essayé, Conyngham a décidé d'emprunter une voie alternative : il a ouvert ChatGPT et a commencé à poser des questions.

ChatGPT comme point de départ. Le modèle d'IA d'OpenAI a servi d'assistant de recherche à Conyngham. Cela l’a aidé à élaborer un plan dans un domaine dont il ne connaissait absolument rien, et c’est le chatbot qui lui a suggéré d’explorer des traitements d’immunothérapie. Il a également souligné l’existence du Centre Ramaciotti de génomique de l’Université de Nouvelle-Galles du Sud (UNSW), et c’est là qu’a commencé un voyage fascinant.

3 000 $ pour séquencer une tumeur. Dans ce centre de recherche, Conyngham a contacté le professeur agrégé Martin Smith, l'un de ses responsables. Conyngham a payé 3 000 $ pour séquencer l'ADN de la tumeur de Rosie, ce que Smith a trouvé étrange : ils ne prennent généralement pas en charge le séquençage demandé par les individus car l'interprétation des données est extrêmement difficile. Mais Conyngham lui a assuré qu'il n'avait rien à craindre et lui a dit qu'il était analyste de données et qu'il allait les analyser avec l'aide de ChatGPT.

De ChatGPT à AlphaFold. Avec ces données de séquençage en main, Conyngham a utilisé divers outils d’IA, pas seulement ChatGPT, pour identifier les mutations pertinentes. Il est ensuite allé plus loin et a utilisé AlphaFold, le programme DeepMind de Google qui prédit la structure tridimensionnelle des protéines. Cela lui a permis de modéliser laquelle de ces mutations pourrait être à l’origine de la tumeur. À partir de ces données, il a identifié des médicaments candidats pour aider au traitement du cancer et s'est présenté aux chercheurs de l'UNSW une fois ses devoirs terminés.

Premier obstacle : la bureaucratie. L’équipe de recherche a identifié un médicament d’immunothérapie qui semblait prometteur, mais son fabricant a refusé de le fournir pour ce type d’application. Ce fut un coup dur pour Conyngham, mais Smith lui parla ensuite des vaccins à ARNm et lui demanda s’il voulait explorer cette voie. Bien sûr, a déclaré Conyngham. En réalité, la fabrication du vaccin ne représentait que la moitié du problème, car son administration nécessitait une autorisation éthique, ce qui permet des expériences sur des êtres vivants. Après avoir préparé un document de 100 pages au cours des deux mois suivants, Conyngham a obtenu cette approbation.

Vaccins dans deux mois. Une division de l'UNSW dirigée par le professeur Pall Thordarson a fabriqué le vaccin à partir de la formule d'une demi-page générée par Conyngham. Il leur fallait juste trouver quelqu'un pour l'administrer, et c'est ainsi que Conyngham a réussi à contacter Rachel Allavena, professeur d'immunothérapie canine à l'Université du Queensland. Il a voyagé dix heures avec Rosie et s'est présenté là-bas pour sa première injection en décembre.

La tumeur a diminué de moitié. Des chercheurs de l'UNSW et de l'Université du Queensland ont confirmé que l'une des tumeurs de Rosie avait diminué de moitié. Allavena a expliqué que même l'éclat de son pelage s'était également rétabli et que le chien semblait plus heureux et en meilleure santé. Conyngham l'a confirmé : son chien perdait de l'énergie, mais six semaines après le traitement, ils étaient dans un parc et Rosie a sauté la clôture pour chasser un lapin qu'elle avait vu.

Mais. Bien que l’histoire soit extraordinaire, il n’existe pas ici (pour le moment) de remède total et miraculeux. L’une des tumeurs a répondu au vaccin, mais une autre plus grosse n’a pas répondu. De plus, il n’y a eu aucun essai contrôlé ni taille d’échantillon au-delà d’un seul animal ou de données à long terme. Conyngham lui-même a commenté: « Je ne me fais aucune illusion sur le fait qu'il s'agit d'un remède, mais je crois que ce traitement a permis à Rosie de gagner beaucoup plus de temps et de qualité de vie. »

Et Conyngham n’est pas un homme ordinaire. Il est également important de noter que Conyngham avait un profil bien particulier : ses 17 années d’expérience en science des données et en apprentissage automatique () ont été cruciales pour faire avancer ses recherches. Ses connaissances techniques ont permis à l'IA d'entrer dans un domaine qu'il ne connaissait pas mais qu'il pouvait comprendre, et le chatbot et d'autres outils ont accéléré le processus. Mais ceux qui ont finalement rendu cela possible sont les immunologistes, les ingénieurs en ARN et les oncologues vétérinaires qui ont participé au processus.

Est-ce que cela fonctionne pour d'autres cas ? Smith a posé une question logique après ce succès singulier. « Pourquoi ne déployons-nous pas cela pour tous les humains atteints de cancer ? » La réponse courte est claire : les essais cliniques prennent des années, coûtent des centaines de millions de dollars et nécessitent des preuves claires qui, dans ce cas, sont tout simplement nulles. L'un de ses collègues, David Thomas, travaille déjà sur des traitements similaires à base d'ARNm pour des patients humains, et estime qu'il y a ici quelque chose de révolutionnaire : « ce qui frappe, c'est l'idée d'une science citoyenne où quelqu'un de la rue avec un profil technique peut utiliser ses compétences dans le processus scientifique ».

Le deuxième vaccin est déjà en cours. Ce processus a montré qu’il est possible de réduire considérablement le temps entre l’idée et le traitement expérimental. Thordarson a noté que ce que Conyngham a fait – générer une formule d’ARNm sans formation en biologie – démontre que l’IA contribue à démocratiser ce processus. En fait, le travail n'est pas terminé : l'UNSW travaille déjà sur le séquençage génétique de la tumeur qui n'a pas répondu au traitement et l'objectif est de concevoir un deuxième vaccin visant précisément à traiter ladite tumeur.

Images | WadeAustin Ellis

À Simseo | Ce que disent aujourd'hui les pionniers de l'IA récompensés aujourd'hui par le prix Nobel sur l'IA et ses risques